微生物肥料的功能，经过青岛斯曼的研究发现主要为：

（1）固氮作用：

固氮根瘤菌包括共生、协生及非共生固氮根瘤菌，可以将空气中的氮素固定为氨，转变成落花生可以利用的氮化合物，此作用是直接增加土壤的氮素来源，并能替代或减少化学氮肥的施用。

（2）溶解作用：

土壤中存有许多落花生不能利用的结合型营养元素，如磷、钙、铁等需靠根圈之溶解菌溶解后才能被利用，因此，溶解结合型营养元素的菌可以做为提供落花生营养再利用的功能，并可替代或减少化学肥料的施用，例如菌根菌。

（3）增进根系营养吸收及生长的作用：

微生物肥料中有增进根系营养吸收及生长的菌，增加根系吸收能力及表面积，即可减少化学肥料的施用，提高土壤中的营养供应效率，如菌根菌。

微生物肥料的使用方法，依拌种剂的型态，可分为固氮根瘤菌液剂及菌根菌固剂两种，分别说明如下：

（1）固氮根瘤菌液剂拌种之方法：

将落花生种子与5~10倍稀释液侵入或喷湿，使种子与液剂接触，等风乾后再机械播种。

（2）菌根菌固剂拌种之方法：

将落花生种子直接加入粘着剂及少量的水后，再加入固剂包覆种子，并机械播种。